شریعتی بارها تاكید كرد كه در اسلام بجای روحانی عالم دینی وجود دارد:«من، روحانیت را با علمای اسلامی یكی نمی‌گیرم، بلكه متضاد می‌بینم. در اسلام، ما دستگاهی، طبقه‌ای یا تیپی به نام روحانیت نداریم. این اصطلاح خیلی تازه‌است و مصداق آن هم نوظهور. در اسلام ما عالم داریم در برابر غیر عالم نه روحانی در برابر جسمانی...آقا روحانی است. یعنی مصرفش چیست؟ متفكر اسلامی است؟ نه. عالم اسلامی است؟ نه. سخنران اسلامی است؟ نه. نویسنده یا مترجم اسلامی است؟ نه. پس چیست؟ ایشان یكپارچه نور است، مقدس است. شخصیت دینی است. آبروی دین است» مهندس بازرگان درباره ریشه‌های اختلاف شریعتی و روحانیت می‌نویسد:«روحانیت در همه ادیان و ادوار به دو دلیل با امثال دكتر شریعتی‌ها ناسازگاری دارد. یكی اینكه تجدد و نوآوری را منافی با اصالت و استحكام دین دانسته، می‌ترسند در مبانی و معتقدات مردم كه تا حدود زیادی بر تشریفات و تحجر و سنت‌ها و افكار كهن تكیه دارد، تزلزل حاصل شود و دلیل مهمترشان این است كه اصلا نمی‌خواهند هیچ فردی كه خارج از صنف و كسوت مقدس است وارد قلمروی واسطگی بین خدا و خلق خدا شود.» این رویه شریعتی منجر به موضعگیری روحانیون بر علیه او شد. مرتضی انصاری قمی خواستار حبس و اعدام شریعتی شد. او به دولت، مردم و روحانیون هشدار داد: «در یك قرن اخیر، اسلام و تشیع هیچگاه دشمنی خطرناكتر و گستاخ‌تر از علی شریعتی به خود ندیده‌است.» ناصر مكارم شیرازی با چاپ مقاله‌ای در مجله مكتب اسلام و با عنوان «آیا شورا مبنای حكومت اسلامی است؟» نظر شریعتی را نادرست دانسته و استدلال كرده بود كه شیعه به انتخاب خلیفه بر اساس رای شور معتقد نیست و خلیفه را منتخب خدا و پیامبر می‌داند. تعدادی از طلاب قم نزد شهاب‌الدین نجفی مرعشی و شریعتمداری مراجعه و اظهار داشته‌اند كه دكتر علی شریعتی در یكی از سخنرانی‌هایش در حسینیه ارشاد منكر امام زمان شده و گفته‌است دعای ندبه سند معتبر ندارد و مرعشی گفت من دكتر شریعتی را نمی‌شناسم ولی اگر او چنین حرفی گفته باشد كافر است. لازم به تذکر است که طرز فکر و برداشت آیت‌الله حاج میرزا خلیل کمره‌ای نسبت به شریعتی با بسیاری از علمای هم عصر وی متفاوت بود. وی در کتاب خود بنام فتاوی صحابی کبیر سلمان فارسی، کتاب «سلمان پاک» اثر مستشرق فرانسوی پروفسور لویی ماسینیون، ترجمه دکتر علی شریعتی را نقد نمود. در سال ۱۳۵۱، میرزا خلیل کمره‌ای نسخه‌ای از کتاب فتاوی صحابی کبیر سلمان فارسی را توسط فرزندش امیرحسین برای شریعتی ارسال داشت و ضمن تشکر از تحقیقات علمی شریعتی درباره تاریخ ادیان و اسلام، از او خواست که به ۱۹ نکته علمی در ترجمه کتاب سلمان پاک مراجعه و آنها را مورد بازنگری و تحقیق بیشتر قرار دهد. با انتشار این فتاوی رسمی، حسینیه ارشاد در آبان ۱۳۵۱ تعطیل گردید. پس از تعطیلی ارشاد، فتاوی مذهبی علیه ارشاد و شریعتی به شدت گسترش یافت. شریعتی نهایتا به‌دلیل دستگیری پدرش، در تیرماه ۱۳۵۲ خود را تسلیم كرد و زندانی شد. پس از دستگیری وی محمد بهشتی، سید هادی خامنه‌ای و چند نفر از طلاب قم در منزل مرتضی مطهری حضور داشتند که مطهری ضمن انتقاد از شریعتی گفت صرفنظر از افكار نادرست وی و غرور و اشتباهاتش، ضربه جبران ناپذیری بر هماهنگی روحانیت و طبقه تحصیلكرده زد و آنها را نسبت بهم سخت بدبین نمود و احساسات جمعی از جوانان خام را علیه روحانیون برانگیخت. ابوالحسن قزوینی در پاسخ به استفتایی نوشت:«هرچند مدتی است كسالت دارم و قادر بر مطالعه نیستم، ولی نظر به مطالعه اجمالی، كتب مذكور مطابق با مذهب تشیع نمی‌باشد و انكار خاتمیت و انكار ضروری دین اسلام است.» علامه سید محمدحسین طباطبایی در پاسخ به استفتایی نوشت:«اینجانب نوشته‌های دكتر شریعتی را هرگز تصدیق نكرده، نوع مطالب ایشان اشتباه و طبق مدارك دینی‌اسلامی غیرقابل قبول است.» سید كاظم مرعشی هم در پاسخ به استفتایی دیگر خرید و فروش كتب شریعتی را حرام دانست. همچنین سید علی اصفهانی اعلام كرد:«نوشتجات نامبرده مشتمل بر اباطیل گوناگون است» صدور فتواها علیه شریعتی تا پس از مرگ وی ادامه داشت و در این زمان آیات عظام خویی، مرعشی نجفی، شاهرودی،عبدالله شیرازی، مالك حسینی، علی نمازی و... فتاوی مشابهی علیه شریعتی صادر كردند. در این زمان تلاشهایی هم شد كه فتوایی له یا علیه شریعتی از خمینی صادر شود لیكن وی در این‌باره همواره سكوت كرد. محمد یزدی در خاطرات خود از جلسه مدرسین قم پیش از انقلاب برای تصمیم‌گیری درباره شریعتی می‌نویسد: «جلسه مزبور در منزل نوری همدانی تشكیل شده بود و بحث به مرز كفر و ایمان رسیده بود. پس از شور و مشورت، آقایان به این نتیجه رسیدند كه اعلام كفر در مورد شریعتی بازتاب خوبی ندارد و در كل به مصلحت اسلام و مسلمین نیست...آقای مصباح یزدی در آن ماجرا قائل به دیدگاه خاصی بودند و بقیه اعضای جامعه در برابر ایشان قرار داشتند.» به این ترتیب بخشی از روحانیون نزدیك به خمینی نیز كه بعدها وارد حكومت جمهوری اسلامی شدند، تنها به دلیل مصلحت از اعلام كفر شریعتی خودداری كرده بودند. مرتضی مطهری در نامه‌ای در آستانه انقلاب اسلامی به روح الله خمینی می‌نویسد كوچك‌ترین گناه این مرد بدنام كردن روحانیت است. او همكاری روحانیت با دستگاه‌های ظلم و جور علیه توده مردم را به صورت یك اصل كلی اجتماعی درآورد و مدعی شد كه ملك و مالك و ملا و به تعبیر دیگر تیغ و طلا و تسبیح همیشه در كنار هم بوده و یك مقصد داشته‌اند.  شریعتی یکی از متفکران مسلمان بود و در عین حال، رویکردی نقادانه نسبت به برخی از باورهای مذهبی داشت. او به‌طور خاص، تشیع صفوی را مظهر سنت مسخ شده می‌داند و آن را توام با اسارت‌پذیری، خرافه، تقلید و جبرگرایی معرفی می‌کرد.وی همچنین از نگاه سطحی به مدرنیته نیز انتقاد می‌کرد و معتقد بود که راه پیشرفت و ترقی ملت‌های شرقی، متفاوت از راهی است که غرب پیموده‌است البته استفاده آگاهانه از تجربیات مدرنیته در غرب، مورد پذیرش شریعتی قرار داشت